| （主な業務） |
| ○総務部 |
庁全体の総合調整、会計、情報公開、広報、人事、福利厚生、教育及び訓練、海上保安大学校、海上保安学校、情報通信システムの整備及び管理、国際関係事務 |
| ○装備技術部 |
装備の整備計画の調整、装備の技術的事項の企画及び調整、船舶及び航空機の建造及び維持、会計、国有財産の管理及び処分、物品の管理 |
| ○警備救難部 |
法令の励行、犯罪捜査及び逮捕、公共の秩序維持、留置場、海難防止、海難救助、航行安全、海洋汚染及び海上災害の防止、海上災害防止センター、巡視船艇及び航空機の整備計画及び運用、通信の運用 |
○水路部
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水路測量、海象観測、水路図誌及び航空図誌の刊行、船舶交通の安全のために必要な情報提供、測量船の整備計画及び運用 |
| ○灯台部 |
航路標識の整備及び管理、気象観測及びその情報提供、私設航路標識の監督、航路標識業務用船の整備計画及び運用 |