平成２２年１１月１０日、菅総理は総理大臣官邸に各府省事務次官等を招集し、指示を行いました。

　菅総理は「中国漁船衝突事件のビデオの流出に関して事務次官の皆さんに、この問題をしっかりとかみしめて二度とこういったことが起こらないように私から指示をするためにお集まりいただきました。
　私はこの問題は大きく二つの問題があると思っています。一つは、こういった問題について直接的に責任を追う立場にある公務員が、規範を破って情報を流出させたという、そういう国家公務員としてのいわば規範の緩み。
　そして、もう一つは、かって多くが紙をベースにして情報が流れ、あるいは電話という形で情報が流れた場合は一度に大勢の人に伝えると言うことが難しいわけで、そういう時代につくられた管理体制が現在の電子情報の時代にきちっと機能しているのかどうかという問題です。
　この二つの視点からそれぞれの部局で徹底的に、なぜこういうことが起きたのか、よく検討していただいて、どのような対応が必要かを考え、それぞれの立場で実行していただきたい、このように思っております。」と述べました。