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総合特別区制度
以下、用いられる表記
・総合特別区域法＝法
・同施行令＝令
・同施行規則＝規則
（指定申請の主体）
Ｑ１、指定申請をする総合特区の区域範囲が、他の地方公共団体の行政区域の一部も含む場合は、当該他の地方公共団体との共同申請とする必要があるか。また、必要がある場合、主たる地方公共団体を代表者として申請することは可能か。
Ａ、総合特区の区域指定は、申請する地方公共団体の区域内の区域に限定されますので、面積の大小等に拘らず、総合特区の区域指定を受けるためには、総合特区の区域指定を受けようとする区域を管轄する地方公共団体からの申請が必要です。（法第8条又は第31条）そのため、主たる地方公共団体を代表者として申請した場合、区域全体の指定ができないおそれがあります。
なお、規制の特例措置等の内容により区域の設定や申請が困難な場合等は、個別にご相談ください。
Ｑ２、都道府県がその管轄内の市町村と総合特区制度の活用を考える場合、都道府県単独での申請は可能か。
Ａ、申請の内容にもよりますが、都道府県単独での申請でも差支えありません。
ただし、市町村との共同申請が行われなかった場合、申請者ではない市町村は、総合特区の区域指定後において、指定地方公共団体に該当しませんので、例えば、法第23条に規定する工場立地法等の特例措置（準則の書き換えなど）の活用ができないこと等に注意が必要です。
Ｑ３、総合特区の指定後に申請主体（市町村等）を追加することは可能か。また、可能ならば、どの段階で可能か。（例として、①指定を受けた段階、②計画の認定を受けた段階において、近隣の市町村が賛同し、同様の事業を行なうため指定後又は認定後の段階で総合特区事業に加わることは可能か。）
Ａ、総合特区の区域の指定後又は総合特区計画の認定後においても、申請主体の追加をすることは可能ですが、原則、その追加申請及び追加事項を含む申請内容全体（目標、政策課題の設定、解決策の提示の内容及び地域協議会における協議内容等）が、基本方針の指定基準に適合するか、及び総合特区推進方針に適合するか等について、国際戦略総合特区については法第8条第9項等の規定、地域活性化総合特区については法第31条第9項等の規定に基づき、改めて評価を行うこととなります。
また、その上で変更が認められた場合には、総合特区計画の計画変更等の手続きを行う必要があります。この場合、想定されるスケジュールで計画認定等が進まない可能性があることにご留意ください。
Ｑ４、複数の主体で共同申請を行う場合、各申請主体がそれぞれ公印を押した申請書を作成し、これを一式として作成することは可能か。
Ａ、必要な申請主体分の公印が揃っているのであれば構いません。なお、各主体の作成する申請書には、他の共同申請主体名をすべて記入の上、共同申請であることを記載してください。
連名例①
連名例②
（指定申請区域の範囲）
Ｑ５、地域活性化総合特区について、関係市町村の全域を対象区域としてよいか。
Ａ、国際戦略総合特区については、産業の国際競争力強化の拠点整備が行われる区域に限定することを基本としていますが、地域活性化総合特区については、取組の内容に応じ、柔軟に設定することは可能とされています。ただし、区域設定の根拠となる考え方を整理し、指定申請書に記載する必要があります。（基本方針第三の３⑤参照）
Ｑ６、総合特区の事業を事業所（出先機関、支社）において実施している場合、総合特区の区域の範囲は、出先機関が入っていればよいか、または出先機関及びその事業所の主たる事務所（本部、本店）の両方が入っている必要があるか。また、財政及び金融上の支援措置を受ける場合でいずれの場合でも同じと考えてよいか。
Ａ、 財政上の支援措置については、総合特区内で実施される認定総合特区計画に記載された事業に対して支援を受けられます。
金融上の支援措置（総合特区支援利子補給金）については、総合特区内で実施される認定総合特区計画の推進に資する事業を行う事業者が指定金融機関から当該事業に必要な資金の融資を受ける場合に適用されるもので、総合特区内に主たる事業所が入っている必要はありません。
（指定基準について）
Ｑ７、法別表第１又は別表第２に記載されている規制の特例措置のみを、規制の特例措置等の提案書に記述した場合、指定基準にある「新たな規制・制度改革の提案」項目はどのように評価されることになるか。
Ａ、法別表第１又は別表第２に記載されている規制の特例措置は、法第10条又は第33条に規定する新たな規制の特例措置の提案ではないため、ご質問の場合には、「国の規制・制度改革の特例措置等の提案がないもの」として評価されることになります。
（金融上の支援措置）
Ｑ８、利子補給制度を活用する金融機関は、どの時点までに地域協議会の構成員となっていることが望ましいか。
Ａ、利子補給制度の活用を考える場合、利子補給制度を有効に活用できる総合特区の区域を設定する必要があるため、指定申請の前段階などできるだけ早い段階で、金融機関の参画を求めることが推奨されます。なお、指定金融機関の指定を受ける観点だけであれば、金融機関が地域協議会の構成員となるのは、利子補給金の活用を定める総合特区計画の認定申請に係る協議を行う地域協議会の開催の時までで構いません。また認定申請後も、利子補給制度を活用する金融機関を追加することは可能ですが、その場合には、認定総合特区計画の利子補給金受給予定金融機関を変更するとともに、地域協議会の構成員に追加されたことを金融機関の指定申請において示すことが可能な状態となっている必要があります。
Ｑ９、利子補給の対象となる金融機関について、内閣府令第7条の金融機関には「株式会社日本政策金融公庫」が含まれないのか。含まれない場合に含めることは可能か。
Ａ、株式会社日本政策金融公庫は対象となっておりません。株式会社日本政策金融公庫は政府系金融機関であり財政融資資金による資金調達を行っているため、利子補給の対象外とされています。なお、県が独自の制度で株式会社日本政策金融公庫への利子補給を行うことは可能です。
（財政上の支援措置：総合特区推進調整費）
Ｑ１０、総合特区推進調整費は、各省の補助事業等に存在していない新規事業で用いることができるのか。
Ａ、総合特区制度では、総合特区に関する計画の実現を支援するため、各府省の予算制度を重点的に活用した上でなお不足する場合に、総合特区推進調整費により機動的に補完することとしています。
地域独自の戦略的取組を支援するため、総合特区推進調整費の使途は、既存の予算制度の要件へ適合する場合のみならず、総合特区計画の趣旨に基づき、各府省の予算制度を拡充する場合も対象としております。
なお、各府省の既存予算制度の拡充等の範囲を超えた、全く新たな補助制度等の創設を必要とするものは総合特区推進調整費の対象にはなりませんが、規制の特例措置等の提案制度を活用し、財政上の支援措置の改善等に関する提案をすることが可能です。
Ｑ１１、総合特区推進調整費を活用することにより、補助率のかさ上げができるのか。
Ａ、補助制度における国の負担割合は、各府省の現行制度によるものが適用されます。
（税制上の支援措置）
Ｑ１２、総合特区において税制特例の適用を受ける場合において、総合特区の区域の範囲には、出先機関が入っていればよいか、または出先機関及びその事業所の主たる事務所（本部、本店）の両方が入っている必要があるか。
Ａ、以下の通りです。
・法人税の特別償却及び投資税額控除にあっては、国際戦略総合特区の区域内において、事業の用に供する建物等を取得等して、事業の用に供することが必要です。
・法人税の所得控除にあっては、特例の適用を受けようとする法人の事業所は国際戦略総合特区の区域内のみに存することが必要です。
・地域活性化総合特区における所得税の特例措置については、事業所の立地に関する要件は設けられていません。
なお、総合特区法第26条、第27条及び第55条とこれらに基づく省令の規定を必ずご確認ください。
Ｑ１３、税の特例を考えている事業者について、地域協議会の構成が親会とその下の部会とした場合、どちらのメンバーとしてもいいか。
Ａ、認定地方公共団体から指定法人等の指定を受けるための要件として、事業者が地域協議会の構成員であることが必要です。
この要件は、地方公共団体と事業者が地域協議会の一員として総合特区計画の作成及びその実施を共同して行うことにより、産業の国際競争力の強化や地域の課題の解決を図ることを通じた地域の活性化を推進するという観点から設けられているものです。
親会の下の部会の位置付けは明らかではありませんが、その部会が上記の趣旨に合致するもの、例えば部会の意見が親会に反映され、親会と同一視できるものである場合には、その部会のメンバーである事業者は指定法人等の指定を受けることが可能であり、その他の一定の要件を満たしていれば税の特例も認められると考えられます。
Ｑ１４、税制措置は規制緩和の適用が要件となるのか。
Ａ、国際戦略総合特区における法人税の所得控除の特例について、規制の特例措置の適用を受けて行う事業を対象としているところです。国際戦略総合特区における法人税に係る特別償却及び投資税額控除の特例及び地域活性化総合特区における所得税の特例においては、規制の特例措置に係る要件は設けられていません。
