平成１７年９月２１日、内閣は午前の臨時閣議でいったん総辞職し、午後に召集された第１６３回特別国会において、衆・参両議院の本会議の首相指名選挙で、自民党の小泉純一郎総裁が第８９代内閣総理大臣に指名されました。
　国会で指名を受けた後、小泉総理は総理大臣官邸で記者会見に臨み、「これまでも多くの国民の皆さんのご支援によって改革を進めてまいりましたけれども、今回の解散、総選挙の結果を見ますと、引き続き構造改革を進めよという国民の声だと受け止めまして、しっかりと改革を止めることなく、多くの皆さんのご支援、ご協力の下に進めていきたいと思いますので、よろしくお願い申し上げます。」と抱負を述べました。
　その後、宮中での親任式において伊藤博文総理大臣以来８９代目（５６人目）の内閣総理大臣として任命されました。さらに、小泉総理は、昨年９月に行った内閣改造の閣僚をすべて再任して第３次小泉内閣の組閣を行い、初閣議の後、記念撮影を行いました。